Molecular Docking Guide

分子对接引导与帮助

按照文件准备、盒子设置、自动预处理、构象评估和相互作用分析五个环节完成分子对接。

准备受体与配体

准备蛋白受体和小分子配体文件。蛋白建议移除无关溶剂、重复配体和非目标杂原子；配体应具有正确键级、质子化状态和三维构象。

通过结构中心、关键残基或坐标设置 AutoDock Vina 搜索区域。盒子应覆盖目标结合口袋并为配体旋转和平移保留足够空间。

上传文件并提交后，服务器完成文件名规范化、受体和配体预处理、加氢与 PDBQT 转换，然后进入对接计算。

任务完成后查看 Vina 结合能打分、RMSD 和多个候选构象。可在三维视图中切换构象、调整显示并选择后续分析对象。

对选定构象进行蛋白-配体相互作用分析，查看氢键、疏水作用、盐桥等明细，并下载配体构象、复合物和结果压缩包。