Easy2MD 分子动力学模拟
交付结果包含《材料与方法》、《分子动力学模拟分析报告》、相应内容的高清图和原始数据
以下分子动力学模拟价格和体系适用于：小分子-蛋白体系、药物成分-疾病靶点体系、底物-蛋白酶体系
可用于评估小分子与蛋白的结合稳定性，中药成分与疾病靶点的结合预测，酶与底物的相互作用，酶突变的机理解析，酶的突变点预测等等
其他类型的模拟，例如蛋白-蛋白体系、肽-蛋白体系等等，请咨询微信客服
模拟体系与蛋白和小分子的大小呈正相关，因此蛋白超过200个氨基酸时，每增加100个氨基酸，需要额外支付20元
一般情况下，蛋白太大的，可联系客服，截取其中部分结构域来进行分子模拟，以节省成本
若模拟项目较多时，请联系客服，客服将针对您的模拟项目提供专业的建议和优惠的价格
蛋白结构的选择较为关键，可联系客服帮助选择最适蛋白结构，以提高模拟结果的正确率和可信度，以期发表优质论文
套餐1
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材料与方法
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模拟结果分析
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RMSD
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Rg/Rog/Gyrate
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RMSF
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小分子-蛋白距离演变
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SASA/Buried SASA
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轨迹构象文件
- 氢键数量演变
- 结合能演变
- MMPBSA结合能分析
- 氨基酸结合能贡献/关键氨基酸分析
- 相互作用结构分析图
- 小分子轨迹构象分布图
- 氢键频率/占有率分析
- PCA主成分分析
- 自由能形貌FEL
- B-Factor
- 表面电势分布
套餐2
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材料与方法
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模拟结果分析
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RMSF
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小分子-蛋白距离演变
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结合能演变
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MMPBSA结合能分析
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氨基酸结合能贡献/关键氨基酸分析
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相互作用结构分析图
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小分子轨迹构象分布图
- 氢键频率/占有率分析
- PCA主成分分析
- 自由能形貌FEL
- B-Factor
- 表面电势分布
套餐3
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材料与方法
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模拟结果分析
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小分子-蛋白距离演变
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SASA/Buried SASA
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氢键数量演变
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结合能演变
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MMPBSA结合能分析
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氨基酸结合能贡献/关键氨基酸分析
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相互作用结构分析图
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小分子轨迹构象分布图
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氢键频率/占有率分析
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PCA主成分分析
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自由能形貌FEL
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B-Factor
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表面电势分布
分析样图
套餐1
套餐2
套餐3
分析报告
分析内容详解
1. 稳定性分析
1.1 RMSD分析
RMSD（Root Mean Square Deviation，均方根偏差）是衡量两个结构之间差异的常用指标，通过比较两个分子中相应原子的空间坐标计算，反映了两个分子构象的相似性，用于跟踪模拟过程中分子结构相对于初始结构的变化，观察变化幅度是否趋于稳定。RMSD 越低，说明两个结构越接近。
1.2 PCA分析
PCA（主成分分析，Principal Component Analysis）是一种用来降低数据维度和提取主要运动模式的分析方法。通过PCA分析，可以将复杂的高维分子运动数据简化为少数几个主成分（Principal Components, PCs），并捕捉到分子在模拟过程中最显著的运动模式。
1.3 表面静电势分析
表面静电势（Surface Electrostatic Potential）是指分子表面各点由于分子内部电荷分布所产生的静电势能，它反映了分子表面不同区域的电荷性质（如正电、负电或中性），进而影响分子与其他分子或离子的相互作用，是描述分子表面电荷分布及其对外部环境影响的重要物理量。
1.4 Rg分析
回转半径（Radius of Gyration, Rg）为分子中所有原子相对于质心的均方根距离，反映了分子原子相对于质心的分布范围，用于衡量蛋白质-小分子整体结构紧密程度的重要参数。回转半径Rg 越小，表示分子更加紧凑；回转半径越大，说明分子结构更加松散，可能处于蓬松状态。
1.5 FEL自由能景观分析
分子模拟中的自由能景观（Free Energy Landscape, FEL）是用来描述分子体系在不同构象状态下的自由能分布的图示，它能够展示分子或体系的各种可能构象及其相对稳定性。
1.6 RMSF分析
均方根涨落（Root mean square fluctuation, RMSF）可以表示蛋白质中氨基酸残基的柔性大小，是分子中每个原子或残基在整个分子动力学轨迹中的运动波动情况，用来衡量每个原子或残基相对于其平均位置的位移幅度，帮助识别出分子中的柔性区域和刚性区域。
1.7 质心演变分析
为分析小分子在蛋白表面的状态，获取小分子的初始对接位点，分析初始对接位点残基的质心与小分子质心之间的距离。并分析小分子与蛋白质心的距离，通过分析这些距离，可获知小分子与蛋白的结合状态。
1.8 Buried SASA分析
埋藏溶剂可及表面积（Buried Solvent Accessible Surface Area, Buried SASA）是一种用于评估分子或分子复合物中哪些部分被埋藏在内部、无法被溶剂直接接触的区域。Buried SASA 的值越大，说明分子间的相互作用更强，接触区域更大。
2. 氢键相互作用分析
2.1 氢键数量演变
氢键是相互作用是蛋白与配体结合的一个重要作用力。氢键与静电相互作用有关，可反映静电相互作用的强弱。
2.2 氢键占有率（频率）分析
氢键频率分析（Hydrogen Bond Frequency Analysis）是研究分子间或分子内氢键形成和保持情况的常用方法，用于确定模拟过程中氢键的形成频率、持久时间及其在整个模拟时间内的分布。通过氢键频率分析可以发现配体在结合位点的某个氨基酸残基上形成了高频氢键。
3. 结合相互作用分析
3.1 静电与范德华力相互作用分析
在不考虑溶剂化的情况下，计算复合物小分子与蛋白之间的范德华力和静电相互作用力，分析结合力在模拟过程中的变化。其中VDW为范德华力与疏水相互作用，ELE为静电相互作用，Binding为VDW与ELE之和，可表示在不考虑溶剂化效应的情况下，小分子与蛋白的结合能。
3.2 结合能分析
在考虑溶剂化能的情况下，综合考虑RMSD、Rg、Distance、Buried SASA和相互作用能，选取稳定状态下的复合物轨迹，使用MM-PBSA (Molecular Mechanics-Poisson Boltzmann Surface Area)的方法计算，得到结合能相关能量项。
3.3 残基贡献分析
对结合能ΔEMMPBSA进行分解，获取各氨基酸对整体结合能的贡献，评价蛋白中的重要氨基酸。
3.4 结构分析
选取模拟稳定时的构象，分析其结构和相互作用，包括氢键和范德华力相互作用的形成情况。
模拟流程
文件上传或文件发送
上传蛋白/小分子文件，或通过微信发送给客服
体系评估
联系客服，以评估模拟体系，确定蛋白结构选择、模拟价格
项目付款
确认价格后付款或预付款，如需机构（学校/医院/研究院等）公账打款可联系客服沟通细节
开始模拟
收到付款或预付款后，立即开始分子动力学模拟
数据处理
模拟完成后进行数据处理和分析
交付确认
发送分析结果，客户确认收货和确认打款
交付周期
标准交付周期
模拟交付周期根据具体情况而定，一般是2-7天
如需加急服务，请联系微信客服沟通具体需求
服务说明
- 分子对接限额免费使用，分子模拟将赠送分子对接代金券，详情可联系客服
- 分子动力学模拟的分析套餐分为3个档次，研究者可以根据自己的具体需要选择不同的套餐
- 分子模拟较为复杂，为避免出错，上传文件后请联系微信客服对模拟体系进行评估与确认
- 可以开具发票，如需开具发票，请联系微信客服