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以下分子动力学模拟价格和体系适用于:小分子-蛋白体系、药物成分-疾病靶点体系、底物-蛋白酶体系
可用于评估小分子与蛋白的结合稳定性,中药成分与疾病靶点的结合预测,酶与底物的相互作用,酶突变的机理解析,酶的突变点预测等等
其他类型的模拟,例如蛋白-蛋白体系、肽-蛋白体系等等,请咨询微信客服
模拟体系与蛋白和小分子的大小呈正相关,因此蛋白超过200个氨基酸时,每增加100个氨基酸,需要额外支付20元
一般情况下,蛋白太大的,可联系客服,截取其中部分结构域来进行分子模拟,以节省成本
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RMSD(Root Mean Square Deviation,均方根偏差)是衡量两个结构之间差异的常用指标,通过比较两个分子中相应原子的空间坐标计算,反映了两个分子构象的相似性,用于跟踪模拟过程中分子结构相对于初始结构的变化,观察变化幅度是否趋于稳定。RMSD 越低,说明两个结构越接近。
PCA(主成分分析,Principal Component Analysis)是一种用来降低数据维度和提取主要运动模式的分析方法。通过PCA分析,可以将复杂的高维分子运动数据简化为少数几个主成分(Principal Components, PCs),并捕捉到分子在模拟过程中最显著的运动模式。
表面静电势(Surface Electrostatic Potential)是指分子表面各点由于分子内部电荷分布所产生的静电势能,它反映了分子表面不同区域的电荷性质(如正电、负电或中性),进而影响分子与其他分子或离子的相互作用,是描述分子表面电荷分布及其对外部环境影响的重要物理量。
回转半径(Radius of Gyration, Rg)为分子中所有原子相对于质心的均方根距离,反映了分子原子相对于质心的分布范围,用于衡量蛋白质-小分子整体结构紧密程度的重要参数。回转半径Rg 越小,表示分子更加紧凑;回转半径越大,说明分子结构更加松散,可能处于蓬松状态。
分子模拟中的自由能景观(Free Energy Landscape, FEL)是用来描述分子体系在不同构象状态下的自由能分布的图示,它能够展示分子或体系的各种可能构象及其相对稳定性。
均方根涨落(Root mean square fluctuation, RMSF)可以表示蛋白质中氨基酸残基的柔性大小,是分子中每个原子或残基在整个分子动力学轨迹中的运动波动情况,用来衡量每个原子或残基相对于其平均位置的位移幅度,帮助识别出分子中的柔性区域和刚性区域。
为分析小分子在蛋白表面的状态,获取小分子的初始对接位点,分析初始对接位点残基的质心与小分子质心之间的距离。并分析小分子与蛋白质心的距离,通过分析这些距离,可获知小分子与蛋白的结合状态。
埋藏溶剂可及表面积(Buried Solvent Accessible Surface Area, Buried SASA)是一种用于评估分子或分子复合物中哪些部分被埋藏在内部、无法被溶剂直接接触的区域。Buried SASA 的值越大,说明分子间的相互作用更强,接触区域更大。
氢键是相互作用是蛋白与配体结合的一个重要作用力。氢键与静电相互作用有关,可反映静电相互作用的强弱。
氢键频率分析(Hydrogen Bond Frequency Analysis)是研究分子间或分子内氢键形成和保持情况的常用方法,用于确定模拟过程中氢键的形成频率、持久时间及其在整个模拟时间内的分布。通过氢键频率分析可以发现配体在结合位点的某个氨基酸残基上形成了高频氢键。
在不考虑溶剂化的情况下,计算复合物小分子与蛋白之间的范德华力和静电相互作用力,分析结合力在模拟过程中的变化。其中VDW为范德华力与疏水相互作用,ELE为静电相互作用,Binding为VDW与ELE之和,可表示在不考虑溶剂化效应的情况下,小分子与蛋白的结合能。
在考虑溶剂化能的情况下,综合考虑RMSD、Rg、Distance、Buried SASA和相互作用能,选取稳定状态下的复合物轨迹,使用MM-PBSA (Molecular Mechanics-Poisson Boltzmann Surface Area)的方法计算,得到结合能相关能量项。
对结合能ΔEMMPBSA进行分解,获取各氨基酸对整体结合能的贡献,评价蛋白中的重要氨基酸。
选取模拟稳定时的构象,分析其结构和相互作用,包括氢键和范德华力相互作用的形成情况。
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