Easy2MD分子动力学模拟

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套餐3

¥390

1对蛋白-小分子

100ns(纳秒)模拟时长
19张图，对应26项数据
分析报告约3100字
样图
套餐3样图
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  • 材料与方法 材料与方法示例
  • 模拟结果分析 模拟结果分析示例
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  • Rg/Rog/Gyrate Rg分析示例
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  • 小分子-蛋白距离演变 距离演变示例
  • SASA/Buried SASA（复合物/蛋白/小分子配体） SASA分析示例
  • 轨迹构象文件
  • 0ns/50ns/100ns轨迹构象
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  • 氨基酸结合能贡献/关键氨基酸分析 氨基酸分析示例
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  • 小分子轨迹构象分布图 构象分布示例
  • 氢键频率/占有率分析 氢键频率分析示例
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套餐2

¥290

1对蛋白-小分子

100ns(纳秒)模拟时长
13张图，对应21项数据
分析报告约2500字
样图
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套餐1

¥190

1对蛋白-小分子

100ns(纳秒)模拟时长
5张图，对应13项数据
分析报告约1200字
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  • 表面电势分布
  • 表面电势分布

蛋白-蛋白相互作用体系

¥1600

1对蛋白-蛋白

100ns(纳秒)模拟时长
无需支付蛋白大于200aa的加价费用
  • 材料与方法
  • 模拟结果分析
  • RMSD
  • Rg
  • RMSF（受体与配体蛋白）
  • SASA/Buried SASA
  • 氢键数量演变
  • 氢键频率/占有率分析
  • 结合能演变
  • MMPBSA结合能分析
  • 氨基酸结合能贡献/关键氨基酸分析（受体与配体蛋白）
  • 相互作用界面结构分析图

蛋白-肽相互作用体系

¥800

1对蛋白-肽

100ns(纳秒)模拟时长
无需支付蛋白大于200aa的加价费用
  • 材料与方法
  • 模拟结果分析
  • RMSD
  • Rg
  • RMSF（受体蛋白与肽段）
  • SASA/Buried SASA
  • 氢键数量演变
  • 氢键频率/占有率分析
  • 结合能演变
  • MMPBSA结合能分析
  • 氨基酸结合能贡献/关键氨基酸分析（受体蛋白与肽段）
  • 相互作用界面结构分析图
! 价格说明（按肽段长度）：
• 肽段氨基酸数量 ≤ 5 aa：¥800
• 肽段氨基酸数量 6 – 15 aa：¥1200
• 肽段氨基酸数量 > 15 aa：¥1600

单个小分子-单个小分子体系

¥1499

例如：环糊精-槲皮素体系

  • 材料与方法
  • 模拟结果分析
  • RMSD
  • Rg
  • SASA
  • 氢键数量
  • Energy
  • LJ(范德华力)
  • Coulomb(静电作用力）
  • PCA主成分分析
  • 稳定构象相互作用图
  • 分子模拟轨迹快照图

自组装体系

咨询报价

包括以下体系

  • 小分子-小分子自主装
  • 多肽自组装
  • 多肽-小分子自主装

分析样图

套餐3

19张图，对应26项数据
套餐3分析样图
包含全面的分析项目，额外增加PCA、FEL等高级分析，适合深度研究和论文发表

套餐2

13张图，对应21项数据
套餐2分析样图
在套餐1分析基础上，增加结合能、氢键分析等，适合深入研究分子间相互作用

套餐1

5张图，对应13项数据
套餐1分析样图
包含RMSD、RMSF、Rg、SASA、距离演变信息，含分析结果，适合初步评估分子动力学模拟结果

分析报告

专业的分析报告文档
分析报告样图
提供详细的分析报告，包含材料方法、结果分析、数据解读等完整内容

专题研究

中药活性成分与天然产物专题

适配研究场景举例：
  • 天然产物潜在靶点识别：已知一个活性成分，有抗炎、抗肿瘤、抗菌等表型，想找它可能作用的蛋白靶点。
  • 中药单体与靶蛋白结合模式解析：研究黄酮、皂苷、生物碱、萜类等与某个受体、酶或转运蛋白的结合方式。
  • 中药多成分-多靶点作用机制分析：基于网络药理层面分析结果，进一步针对具体靶点进行结合分析。
  • 天然产物活性差异解释：一组结构类似的天然产物活性差别很大，分析为什么有的结合强、有的弱。
  • 天然产物抑制酶/调控受体机制研究：比如研究天然产物/中药成分对激酶、氧化还原酶、代谢酶、核受体、GPCR 等的结合与调控机制。

药物发现与靶点筛选专题

适配研究场景举例：
  • 基于已知靶点的虚拟筛选：对某疾病相关靶点开展小分子筛选，优先找可能结合的候选化合物。
  • 先导化合物优选与排序：对多个候选分子做结合模式和亲和力比较，辅助确定优先推进对象。
  • 结合位点识别与可成药性分析：目标蛋白结构出来了，但不知道哪个口袋最有开发价值，评估口袋结合药物模式。
  • 已知药物或化合物再利用筛选：对上市药物、老化合物进行再定位，寻找新的疾病适应证或新靶点方向。
  • 靶点优先级评估：对多个候选靶点比较分子模拟结果，辅助判断哪个更值得做。

药物-靶点作用机制专题

适配研究场景举例：
  • 小分子与靶蛋白结合机制解析：分析关键残基、氢键网络、疏水作用、盐桥、π-π 相互作用等。
  • 抑制剂作用机制研究：解释一个分子为什么能抑制酶活、阻断底物进入，或改变蛋白活性状态。
  • 药物失活或结合不稳定原因分析：某个分子体外有效但机制不清，或者重复性差，需要解释结合是否真实稳定。

疾病突变机制专题

适配研究场景举例：
  • 疾病相关点突变结构机制解析：某个突变位点与疾病强相关，分析其与疾病蛋白的结合机制。
  • 突变导致药物敏感性变化研究：比如突变后原来有效的药失效，分析药物与突变蛋白的结合对比分析。
  • 耐药突变机制分析：研究突变如何削弱药物结合、改变口袋形态、增强底物竞争或改变构象平衡。
  • 突变位点功能重要性评估：判断某残基是结构核心、催化关键位点，还是调控通路上的信号节点。
  • 多突变协同效应分析：单个突变影响有限，但多个突变组合后显著改变活性、亲和力或稳定性。

酶催化专题

适配研究场景举例：
  • 酶催化反应机理解析：确定底物进入后结合位点、结合稳定性、关键氨基酸等。
  • 酶突变改造位点筛选：为提高活性、改变区域选择性、立体选择性或底物谱提供突变建议。
  • 酶-辅因子协同催化机制研究：比如 NAD(P)H、FAD、SAM、金属离子参与时的电子转移和协同作用。
  • 人工酶或工程酶设计支持：对新功能酶或改造酶开展反应路径评估和活性位点优化。

蛋白理性设计与优化专题

适配研究场景举例：
  • 蛋白稳定性优化：通过突变设计提升热稳定性、pH 稳定性、溶剂耐受性或储存稳定性。
  • 结合亲和力增强设计：优化蛋白与配体、底物或另一蛋白之间的相互作用。
  • 功能位点重塑：改造活性口袋或结合界面，使蛋白识别新底物、新配体或新相互作用对象。
  • 抗体/多肽/结合蛋白优化：提高结合强度、提高特异性、降低脱靶、优化界面稳定性。
  • 突变扫描与候选位点优选：从大量可能位点中筛出更值得实验验证的一批突变。

蛋白-蛋白相互作用专题

适配研究场景举例：
  • 蛋白复合体结合界面解析：分析两个蛋白如何识别、哪些残基是界面核心、界面稳定性如何。
  • 热点残基识别与界面能量贡献评估：找出对结合最关键的残基，支持后续突变验证或抑制剂设计。
  • PPI 阻断策略研究：研究如何用小分子、多肽或抗体阻断两蛋白结合。
  • 受体-配体蛋白复合物作用机制研究：如细胞因子-受体、生长因子-受体、病毒蛋白-宿主蛋白相互作用。
  • 突变对 PPI 的影响分析：某个突变是否会削弱复合体形成、改变信号传递效率或造成免疫逃逸。

自组装专题

适配研究场景举例：
  • 多肽/小分子自组装机制研究：分析单体如何形成二聚体、寡聚体、纤维、纳米颗粒或更高阶结构。
  • 关键驱动力解析：研究疏水作用、氢键网络、π 相互作用等对组装行为的贡献。

模拟流程

📤

文件上传或文件发送

上传蛋白/小分子文件，或发送给我们的科研助理（微信号：easy2md）

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体系评估

联系我们的科研助理，以评估模拟体系，确定蛋白结构选择、模拟价格

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项目付款

确认价格后付款或预付款，如需机构（学校/医院/研究院等）公账打款可联系我们的科研助理沟通细节

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开始模拟

收到付款或预付款后，立即开始分子动力学模拟

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数据处理

模拟完成后进行数据处理和分析

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交付确认

发送分析结果，客户确认收货和确认打款

交付周期

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标准交付周期

模拟交付周期根据具体情况而定，一般是2-7天

如需加急服务，请联系我们的科研助理沟通具体需求

服务说明

蛋白-小分子体系价格说明

模拟价格与蛋白大小相关，超过200个氨基酸的体系，每增加100个氨基酸需额外支付20元
备注：当小分子的原子较大，原子数量超过80个后，需要适当增加部分费用。当蛋白结构较为松散，或者长度较大时，需要适当增加部分费用。

示例：如果您的蛋白有380个氨基酸，您需要做套餐3，则价格如下：
超过氨基酸数量 = 380 - 200 = 180aa
额外支付费用 = 2 * 20 = 40 元
您的模拟体系总费用 = 390 + 40 = 430 元

交付内容

交付结果（套餐1-3）：包含《材料与方法》、《分子动力学模拟分析报告》、相应内容的高清图和原始数据

适用范围

使用体系：以下分子动力学模拟价格和体系适用于：小分子-蛋白体系、药物成分-疾病靶点体系、底物-蛋白酶体系

适用范围：可用于评估小分子与蛋白的结合稳定性，中药成分与疾病靶点的结合预测，酶与底物的相互作用，酶突变的机理解析，酶的突变点预测等等

其他类型模拟：其他类型的模拟，例如蛋白-蛋白体系、肽-蛋白体系等等，请咨询我们的科研助理

价格说明

蛋白大小：模拟体系与蛋白和小分子的大小呈正相关，因此蛋白超过200个氨基酸时，每增加100个氨基酸，需要额外支付20元

蛋白太大：一般情况下，蛋白太大的，可联系我们，截取其中部分结构域来进行分子模拟，以降低费用

模拟时长：上述价格为100ns(纳秒)模拟时长，若需要更长的模拟时长，请咨询我们

多项目模拟：若模拟项目较多时，请联系我们的科研助理，我们将针对您的模拟项目提供专业的建议和优惠的价格

专业建议

蛋白结构：蛋白结构的选择较为关键，可联系我们的科研助理，帮助选择最适蛋白结构，以提高模拟结果的正确率和可信度，以期发表优质论文

发票、支付与合同

发票：可以开具发票，如需开具发票，请联系我们的科研助理

支付：支持单位的公账打款、淘宝支付、微信支付、支付宝支付、银行转账等多种支付方式

合同：可签订合同，如需签订合同，请联系我们的科研助理

风险须知

分子动力学模拟结果与蛋白和小分子有密切的联系，所以模拟结果可能存在结合不稳定、结合能不佳等情况。