Easy2MD分子模拟

起步导航了解整体流程

Easy2MD 提供从「文件提交 ➜ 自动预检 ➜ 价格评估 ➜ 付款 ➜ 计算/分析 ➜ 结果下载/可视化」的一站式流程：

  • 分子模拟提交：选择体系、上传蛋白/配体、选择力场与时长、选择分析套餐并生成预估价格。
  • 分子对接提交：上传受体与配体，实时预览结构，支持每日免费额度与代金券/余额扣费。
  • 任务列表：对接/模拟的任务状态查询与结果下载。
  • 模拟详情：付款后实时查看基础图（进行中）与完整结果（完成后）。
  • 费用价格/账单明细/发票：价格规则、消费明细、开票流程管理。
  • 联系客服：遇到格式/参数/发票问题，随时咨询。

分子模拟提交

MDAMBER/CHARMM/OPLS 预估报价

用于提交分子动力学模拟任务，支持蛋白-小分子、蛋白-蛋白等多类型体系，带有文件预览与氨基酸计数。

  • 登录：页面右上角显示当前用户，未登录会自动跳转到登录页。
  • 步骤导航：
    • 1）选择模拟类型：如「蛋白-小分子」。
    • 2）上传文件：蛋白（.pdb）与配体（可选），页面会进行 3D 预览。
    • 3）选择参数：模拟时长（100/200/500/1000 ns），力场（AMBER14SB 等）。
    • 4）选择分析套餐：套餐1/2/3，页面会根据氨基酸数量与时长实时计算预估价格。
  • 价格规则：套餐1基础价 100ns 时 ¥190（≤200AA），每超100AA +¥20；200/500/1000ns 乘以时长系数（×2/×3/×5）；套餐2/3分别在套餐1基础价上 +100/+200。
  • 提交：点击「提交评估分子模拟体系」，系统会提示提交成功，随后可在「模拟任务列表」查看。

模拟任务列表

MD付款/详情

展示所有模拟任务基本信息与价格，点击进入详情页可完成付款并查看实时图与最终结果。

  • 价格显示：来自提交页的预估价格（考虑氨基酸数量与时长）。
  • 详情入口：「点击查看详情」进入模拟详情页。

模拟详情页

支付实时图结果展示

用于单个模拟任务的付款与进度展示：

  • 基本信息：蛋白/配体、时长、力场、套餐、价格。
  • 付款：支持余额支付，成功后按套餐发放代金券（套餐1/2/3 分别 +10/+20/+30）。分子模拟不支持代金券支付。
  • 进行中：展示基础图（rmsd/Rg/RMSF）。
  • 已完成：展示全部结果图（rmsd/Rg/RMSF/SASA/氢键/距离/结合能等），并提供报告下载。
  • 完成后：客服会发送模拟结果的压缩包。
  • 售后:有问题可以联系客服进行解答。

费用与价格

计价套餐

收费规则（蛋白-小分子，常规情况）：

  • 套餐1：100ns 基础价 ¥190（≤200AA），超出部分每满/不足100AA 计一段 +¥20。
  • 时长系数：200/500/1000ns 分别 ×2/×3/×5。
  • 套餐2/3：在同等时长的套餐1基础价上分别 +¥100 / +¥200。
  • 蛋白过大可协助切割以降低价格；特殊体系（如 P450、超大配体）价格会有差异。

费用计算方式

  • 起步价：以套餐1、100ns 为基准，¥190 起。
  • 蛋白大小加价：如果氨基酸数量超过 200 个，每多 100 个（不足 100 也按 100 算）加 ¥20。
  • 时长倍数：选好时长后按倍数相乘：100ns×1 倍、200ns×2 倍、500ns×3 倍、1000ns×5 倍。
  • 套餐差价：套餐2 = 套餐1价格 + ¥100；套餐3 = 套餐1价格 + ¥200。
说明：这是常规“蛋白-小分子”体系的预估方式；其他情况例如蛋白-蛋白、蛋白-肽等，以客服确认的价格为准。

费用计算示例

示例：AA = 380，时长 T = 200ns。
  • 超过 200 个的部分是 180 个，按两个“100 个”来算，加价 2 × ¥20。
  • 基础价（100ns, 套餐1）：190 + 40 = ¥230
  • 200ns 是 2 倍
  • 套餐1：P1 = 230 × 2 = ¥460
  • 套餐2：P2 = 460 + 100 = ¥560
  • 套餐3：P3 = 460 + 200 = ¥660

分子对接提交

Dock每日免费额度 在线预览

用于上传受体蛋白（.pdb）与配体（.pdb/.sdf/.mol2/.pdbqt）进行自动对接，页面内置 3D 预览与格式提示。

  • 免费额度：每日可免费提交 2 次，超过后需支付 ¥1/次（优先使用代金券）。
  • 文件要求：文件名不含中文与特殊字符；小分子体积过大请先简化；必要时联系客服预检。
  • 提交流程：
    • 上传受体与配体 → 进行 3D 预览结构。
    • 系统校验当日次数，超额时提示使用代金券或余额支付。
    • 生成任务后，可在「对接任务列表」查看状态与下载结果。

对接任务列表

进度下载 作图服务

展示当前用户所有对接任务：受体/配体文件名、进度状态、结果下载、时间与操作。

  • 状态：
    • 正在对接：任务计算中。
    • 已完成：显示「免费下载结果」，zip 包含 protein.pdbqt、Affinity.log/Excel、20个构象文件。
  • 常规作图：完成后可一键开通 4.9 元作图（优先代金券）。
    注意：使用常规对接服务前，请先下载对接结果文件，确认结果完整且正常（包含日志、打分与 20 个构象）后再进行作图。
  • 高级作图：可用于论文发表，价格 29 元/对复合物（不支持代金券）。
  • 删除：可删除历史任务（不可恢复）。
  • 查看对接结果构象：文件下载并解压后，使用pymol软件（其他软件也可以）打开all_Ligand_poses_to_Receptor.pdbqt文件后，将protein文件夹下的蛋白文件拖入其中，使用键盘的左右键切换构象。
  • 查看亲和力打分：使用Excel打开Affinity.xlsx文件，文件中包含20个构象的亲和力打分，分数越高，亲和力越强，其中第1个构象的分数最高，第20个构象的分数最低。这些构象与pymol中切换的构象一一对应。
提示：
  • 结果压缩包通常包含 4 个文件：
    • protein 文件夹中的蛋白文件
    • Affinity.log（对接日志）
    • Affinity.xlsx（20 个构象的亲和力打分）
    • all_Ligand_poses_to_Receptor.pdbqt（小分子的 20 个对接构象）
  • 若只有 2 个文件或缺少上面任意文件，表示对接未正常完成，常见原因是提交的受体/配体文件存在问题。
  • 可联系微信客服协助排查，或选择付费分子对接。
  • 蛋白较大或小分子结构复杂（如可旋转键多、原子数多等）时，建议进行付费分子对接，以提升成功率与效率。

账单明细

明细代金券/余额

展示充值、消费、代金券余额与消费记录的明细，便于您随时核对。

  • 对接：每日 2 次免费，超额后优先扣代金券，不足再扣余额。
  • 模拟：付款后根据套餐发放代金券（10/20/30）。

发票开具

发票报销

用于提交开票信息（单位、税号、金额、银行信息、邮箱等），由客服核对后开具电子发票并发送至邮箱。

  • 可开具项目：研发和技术服务-分子模拟与分子对接 / 云计算服务；不可开具：试剂费。
  • 付款方式：需要预付或公账打款，金额较大时支持走公账。

联系客服

支持预检

遇到以下情况请尽快联系微信客服（页面提供二维码/联系方式）：

  • 分子对接问题：对接失败、对接结果异常、对接时间过长等。
  • 文件无法加载、格式报错、配体结构异常（例如 2D/未加氢）。
  • 不清楚选择哪种力场/模拟时长/分析套餐，蛋白/配体/肽/需要处理等。
  • 需要合同、发票、对公转账等。

常见问题（FAQ）

Q&A

  • Q：上传失败或预览空白？
    A：请检查文件扩展名与编码，确保无中文/空格/特殊字符。
  • Q：预估价格与最终价格不同？
    A：页面价格针对常规体系估算，特殊大分子/大配体/特殊体系可能调整，请以客服确认为准。
  • Q：对接「处理中」很久？
    A：一般 1 分钟内完成，超过 5 分钟多为源文件异常，请检查文件。
  • Q：余额不足如何充值？
    A：在各页面侧边「余额充值」进入支付宝收银台，或联系客服对公付款。
  • Q：发票如何开具？
    A：推荐方式：直接联系客服，向客服提供开票信息获取发票。