Easy2MD  计算机辅助药物开发课程

掌握分子模拟技术，开启药物研发新篇章

课程介绍

分子对接技术

分子对接是计算机辅助药物设计中的核心技术之一，通过模拟药物分子与靶点蛋白的相互作用，预测其结合模式和亲和力。本课程将深入讲解分子对接的理论基础、常用软件和实战技巧。

虚拟筛选技术

虚拟筛选是药物发现的重要工具，通过计算机模拟快速筛选潜在药物分子。课程将介绍小分子数据库的使用、筛选策略的制定以及结果分析方法。

分子动力学模拟

分子动力学模拟能够研究生物大分子的动态行为和相互作用机制。课程将系统讲解分子动力学的基本原理、力场选择、模拟参数设置以及结果分析。

实践应用

课程将结合多个实际案例，包括新冠病毒蛋白主蛋白酶抑制剂设计、PD-1/PD-L1靶点研究等，让学员掌握实际应用技能。

Easy2MD教学团队

清华大学药学院博士&天津大学制药工程博士团队

  • 分子模拟实例超过3000例
  • 具有多年的分子对接、分子动力学模拟实践经验
  • 围绕分子模拟开发了众多专业程序，为学员提供丰富的工具支持

教学方式

在线直播

实时在线教学，打破地域限制，随时随地学习

视频回放

课程视频永久保存，可反复观看，巩固学习内容

课程大纲

第一部分

基础工具使用
1. PDB数据库的使用
  • 1.1 数据库简介
  • 1.2 靶点蛋白结构查询与选取
  • 1.3 结构序列下载与预处理
  • 1.4 批量下载蛋白晶体结构
2. Pymol软件使用
  • 2.1 基本操作及知识介绍
  • 2.2 蛋白质-配体相互作用图解
  • 2.3 表面图与静电势表示
分子对接基础
1. 分子对接理论
  • 1.1 分子对接的概念及基本原理
  • 1.2 分子对接的基本方法
  • 1.3 分子对接的常用软件
2. 蛋白-配体对接实践
  • 2.1 受体与配体分子准备
  • 2.2 蛋白-配体对接操作
  • 2.3 对接结果分析

案例：新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点

第二部分

分子动力学基础
1. Linux系统使用
  • 1.1 常用命令行
  • 1.2 程序安装
  • 1.3 虚拟筛选操作
2. 分子动力学理论
  • 2.1 模拟原理
  • 2.2 相关程序介绍
  • 2.3 力场介绍
GROMACS使用
1. GROMACS基础
  • 1.1 软件介绍
  • 1.2 环境部署
  • 1.3 软件安装
  • 1.4 主要命令
  • 1.5 参数解析及设置
2. 模拟前的准备
  • 2.1 蛋白的选择及其标准
  • 2.2 分子对接构象的选择
  • 2.3 配体小分子的预处理

第三部分

分子动力学模拟
1. 分子模拟体系构建及参数设置
  • 1.1 模拟盒子构建
  • 1.2 体系能量最小化
  • 1.3 体系平衡
  • 1.4 正式模拟配置
  • 1.5 模拟过程异常处理
  • 1.6 模拟参数解析
2. 分子模拟结果解析
  • 2.1 模拟轨迹处理
  • 2.2 分析命令结构解析
  • 2.3 常见分析项目命令行解析
  • 2.4 高级分析项目解析
  • 2.5 分析项目与论文的结合
案例：分子动力学模拟实践（以AKT1-槲皮素为例）
  • 2.1 处理流程
  • 2.2 初始构象准备
  • 2.3 模拟操作实践
  • 2.4 结果分析讨论实践

授课时间

课程安排

授课时间

2025年6月20日 - 2025年6月22日

授课时间：晚上 18:00-22:00

授课方式
  • 腾讯会议在线直播授课
  • 实时在线操作指导
  • 课后答疑解惑
课程资源
  • 提供全程课程录播回放
  • 配套实践操作指南
  • 相关学习资料下载
立即报名

培训费用

分子动力学模拟课程

推荐
¥ 1,990
  • 分子动力学模拟专项课程
  • GROMACS软件使用培训
  • 动力学模拟结果分析
  • 相关课程资料与视频
立即购买

可提供增值税专用发票或普通发票，用于报销