Easy2MD  计算机辅助药物开发课程

掌握分子模拟技术，开启药物研发新篇章

课程介绍

分子对接技术

分子对接是计算机辅助药物设计中的核心技术之一，通过模拟药物分子与靶点蛋白的相互作用，预测其结合模式和亲和力。本课程将深入讲解分子对接的理论基础、常用软件和实战技巧。

虚拟筛选技术

虚拟筛选是药物发现的重要工具，通过计算机模拟快速筛选潜在药物分子。课程将介绍小分子数据库的使用、筛选策略的制定以及结果分析方法。

分子动力学模拟

分子动力学模拟能够研究生物大分子的动态行为和相互作用机制。课程将系统讲解分子动力学的基本原理、力场选择、模拟参数设置以及结果分析。

实践应用

课程将结合多个实际案例，包括新冠病毒蛋白主蛋白酶抑制剂设计、PD-1/PD-L1靶点研究等，让学员掌握实际应用技能。

Easy2MD教学团队

清华大学药学院博士&天津大学制药工程博士团队

  • 分子模拟实例超过3000例
  • 具有多年的分子对接、分子动力学模拟实践经验
  • 围绕分子模拟开发了众多专业程序，为学员提供丰富的工具支持

教学方式

在线直播

实时在线教学，打破地域限制，随时随地学习

视频回放

课程视频永久保存，可反复观看，巩固学习内容

课程大纲

第一天

上午：基础工具使用
1. PDB数据库的使用
  • 1.1 数据库简介
  • 1.2 靶点蛋白结构查询与选取
  • 1.3 结构序列下载与预处理
  • 1.4 批量下载蛋白晶体结构
2. Pymol软件使用
  • 2.1 基本操作及知识介绍
  • 2.2 蛋白质-配体相互作用图解
  • 2.3 表面图与静电势表示
下午：分子对接基础
1. 分子对接理论
  • 1.1 分子对接的概念及基本原理
  • 1.2 分子对接的基本方法
  • 1.3 分子对接的常用软件
2. 蛋白-配体对接实践
  • 2.1 受体与配体分子准备
  • 2.2 蛋白-配体对接操作
  • 2.3 对接结果分析

案例：新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点

第二天

上午：虚拟筛选理论
1. 虚拟筛选基础
  • 1.1 虚拟筛选的概念
  • 1.2 虚拟筛选的常用软件
  • 1.3 虚拟筛选的一般流程
2. 相关工具使用
  • 2.1 OpenBabel介绍和使用
  • 2.2 ChemDraw介绍与使用
  • 2.3 小分子数据库的使用
下午：虚拟筛选实践
1. 虚拟筛选操作
  • 1.1 筛选前处理
  • 1.2 筛选流程执行
  • 1.3 结果分析与作图
2. 药物ADME预测
  • 2.1 ADME概念介绍
  • 2.2 预测网站及软件使用
  • 2.3 预测结果分析

案例：新冠病毒主蛋白酶抑制剂筛选

第三天

上午：蛋白-蛋白对接
1. 蛋白-蛋白对接基础
  • 1.1 应用场景介绍
  • 1.2 相关程序介绍
  • 1.3 目标蛋白处理
2. 蛋白-蛋白对接实践
  • 2.1 关键残基设置
  • 2.2 对接运算执行
  • 2.3 结果分析

案例：PD-1/PD-L1靶点

下午：金属酶蛋白对接
1. 金属酶蛋白基础
  • 1.1 背景介绍
  • 1.2 蛋白与配体处理
  • 1.3 金属离子处理
2. 金属酶蛋白对接实践
  • 2.1 对接操作流程
  • 2.2 结果分析

案例：人类法尼基转移酶及其抑制剂

第四天

上午：蛋白-多糖对接
1. 蛋白-多糖基础
  • 1.1 相互作用原理
  • 1.2 对接处理要点
  • 1.3 对接流程介绍
2. 蛋白-多糖对接实践
  • 2.1 对接操作
  • 2.2 结果分析

案例：α-糖苷转移酶和多糖分子

下午：核酸-小分子对接
1. 核酸-小分子基础
  • 1.1 应用现状
  • 1.2 相关程序介绍
  • 1.3 结合种类分析
2. 核酸-小分子对接实践
  • 2.1 对接操作
  • 2.2 结果分析

案例：人端粒g-四链和配体分子

第五天

上午：柔性对接
1. 柔性对接基础
  • 1.1 使用场景介绍
  • 1.2 柔性对接优势
  • 1.3 柔性残基设置
2. 柔性对接实践
  • 2.1 对接操作
  • 2.2 结果分析

案例：CDK2与配体1CK

下午：共价对接
1. 共价对接基础
  • 1.1 柔性侧链法
  • 1.2 两点吸引子法
  • 1.3 蛋白和配体处理
2. 共价对接实践
  • 2.1 对接操作
  • 2.2 结果分析

案例：新冠共价药物

第六天

上午：蛋白-水合对接
1. 蛋白-水合对接基础
  • 1.1 水合作用意义
  • 1.2 方法介绍
  • 1.3 参数准备
2. 蛋白-水合对接实践
  • 2.1 对接操作
  • 2.2 结果分析

案例：乙酰胆碱结合蛋白与尼古丁复合物

下午：综合案例实践
1. 综合案例讲解
  • 1.1 案例背景介绍
  • 1.2 技术路线设计
  • 1.3 关键步骤分析
2. 实践操作指导
  • 2.1 操作流程演示
  • 2.2 常见问题解答
  • 2.3 结果分析讨论

第七天

上午：蛋白-水合对接
1. 蛋白-水合对接基础
  • 1.1 水合作用意义
  • 1.2 方法介绍
  • 1.3 参数准备
2. 蛋白-水合对接实践
  • 2.1 对接操作
  • 2.2 结果分析

案例：乙酰胆碱结合蛋白与尼古丁复合物

下午：综合案例实践
1. 综合案例讲解
  • 1.1 案例背景介绍
  • 1.2 技术路线设计
  • 1.3 关键步骤分析
2. 实践操作指导
  • 2.1 操作流程演示
  • 2.2 常见问题解答
  • 2.3 结果分析讨论

第八天

上午：分子动力学基础
1. Linux系统使用
  • 1.1 常用命令行
  • 1.2 程序安装
  • 1.3 虚拟筛选操作
2. 分子动力学理论
  • 2.1 模拟原理
  • 2.2 相关程序介绍
  • 2.3 力场介绍
下午：GROMACS使用
1. GROMACS基础
  • 1.1 软件介绍
  • 1.2 环境部署
  • 1.3 软件安装
  • 1.4 主要命令
  • 1.5 参数解析及设置
2. 模拟前的准备
  • 2.1 蛋白的选择及其标准
  • 2.2 分子对接构象的选择
  • 2.3 配体小分子的预处理

第九天

上午：分子动力学模拟
1. 分子模拟结果分析
  • 1.1 模拟轨迹处理
  • 1.2 分析命令解析
  • 1.3 常见分析项目命令行及实践
  • 1.4 高级分析项目实践
  • 1.5 分析项目与论文的结合
2. 蛋白-蛋白/多肽/核酸动力学模拟实践
  • 2.1 处理流程介绍
  • 2.2 初始构象准备
  • 2.3 模拟操作实践
  • 2.4 结果分析讨论

案例：AKT1-槲皮素相互作用分析

下午：多种类型模拟实践
1. P450系列蛋白-配体动力学模拟实践
  • 1.1 处理流程介绍
  • 1.2 初始构象准备
  • 1.3 模拟操作实践
  • 1.4 结果分析讨论
2. 小分子-环糊精动力学模拟实践
  • 2.1 处理流程介绍
  • 2.2 初始构象准备
  • 2.3 模拟操作实践
  • 2.4 结果分析讨论
3. 修饰蛋白/突变蛋白动力学模拟实践
  • 3.1 处理流程介绍
  • 3.2 初始构象准备
  • 3.3 模拟操作实践
  • 3.4 结果分析讨论

授课时间

课程安排

授课时间

2025年5月3日 - 2025年5月11日（分子动力学模拟授课时间：2025年5月10日 - 2025年5月11日）

每日授课时间：上午 9:00-12:00，下午 14:00-17:00

授课方式
  • 腾讯会议在线直播授课
  • 实时在线操作指导
  • 课后答疑解惑
课程资源
  • 提供全程课程录播回放
  • 配套实践操作指南
  • 相关学习资料下载
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培训费用

分子动力学模拟课程

¥ 1,990
  • 分子动力学模拟专项课程
  • GROMACS软件使用培训
  • 动力学模拟结果分析
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  • 完整的9天课程内容
  • 分子对接与虚拟筛选
  • 分子动力学模拟
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